El bosque de la isla de Chiltoyac fue afectado fuertemente por la construcción del libramiento, tanto por la deforestación para poder construir esta vialidad como por las consecuencias de la construcción. Hay deslaves en tres zonas del libramiento, obstrucción de nacimientos de aguas y manantiales, se tapó la “Cuenca del agua” por lo que varios cafetales se quedaron sin agua. Además, se quedaron varias parcelas incomunicadas o tapadas, estimándose 126 afectados cuyas parcelas se encuentran de lado y lado del libramiento. Correspondían a una zona de cultivo de café de sombra con árboles frutales y que dieron buen rendimiento de café. Además se puede observar cambios en la fertilidad del suelo por la pérdida de nutrientes con las erosiones y la tierra que queda arcillosa. El libramiento afectó a los cañeros de la zona de Paso de San Juan porque los toboganes de cemento que desalojan el agua de las cunetas del libramiento baja con fuerza y daña el camino federal por donde transitan los camiones que llevan caña al ingenio de Mahuixtlán.
En mi parcela se derrumbaron los árboles porque estoy a 60-80 mts. hacia abajo. Antes ahí era una frescura y ahora todo está pelado porque derrumbaron el cerro, y las piedras tiraron todos los árboles frutales. Ahora se siente el calor. - Ejidatario
Otra problemática que induce un cambio de uso de suelo es el abandono de la producción del café por la problemática de la afectación por la roya. Los productores se ven forzados a cambiar el uso de suelo o vender sus parcelas.
Hubo una crisis de la roya desde hace 2 años. No hubo producción del café de aquí. Los políticos han traído café de Costa Rica y de Guatemala. Es a causa del cambio climático: no es normal ese calor en Xalapa, el bochornito. - Productor de café
Además, hay una extinción de flora y fauna, especialmente de orquídeas, tenchos y aves. Por otro lado, está la contaminación del agua y del río Sedeño por el drenaje que viene desde Banderilla y Xalapa y la contaminación por el uso creciente de agroquímicos, especialmente en el cultivo de la caña. También el mal manejo de residuos y el basurero a aire libre son problemas preocupantes ya que inducen a una contaminación de los ecosistemas.
Antes había aves que hacían sus nidos en la parte de arriba por donde están las fincas, luego se vinieron al centro, ahora ya se fueron. - Ejidatario