El Área Natural Protegida enfrenta fuertes amenazas vinculadas a dos grupos principales de factores. Por un lado, el crecimiento urbano no regulado y el uso no sustentable de recursos naturales como la extracción de madera, de recursos forestales no maderables, la caza, tiraderos, y la contaminación de cuerpos de agua. Estos presentan una presión fuerte a los ecosistemas y una amenaza para la calidad de vida en la región de Xalapa.

Dentro de esta problemática, en algunas ocasiones no se están respetando el marco legal para el uso de suelo como de las zonas de uso ecológico restringido o las áreas naturales protegidas, por lo que se fracciona o cambia el uso de suelo de manera ilegal.

Por otro lado, destacan ciertas actividades agropecuarias de alto impacto por la aplicación indiscriminada de agrotóxicos como sucede con los cultivos de papa y caña de azúcar. Estos cultivos se están expandiendo, generando la destrucción de cafetales de sombra y remanentes de bosque mesófilo de montaña, contaminando suelos y cuerpos de agua. La ganadería no sustentable y sin valor agregado es otra problemática que enfrentan los/as campesinos/as. Además se encuentra en un contexto de desvalorización de las actividades rurales, por lo que muchos campesinos abandonan las actividades productivas que contribuyeron a la conservación de los bosques y selvas como la cafeticultura de sombra.