La Red de Custodios se organiza a través de reuniones generales mensuales, comisiones de temáticas específicas y grupos motores locales en las diferentes islas.
Las reuniones generales mensuales son el espacio para tomar decisiones generales de la red, planear y coordinar las actividades e iniciativas en las diversas islas y más allá. Por otro lado, tienen un papel importante en informarnos de lo que pasa en la región de Xalapa, intercambiar experiencias, dialogar y aprender juntos. En este sentido, en algunos reuniones se invitan a miembros de la red u otros actores a colaborar con pláticas o talleres sobre temáticas como denuncias, defensa ambiental, los ríos de Xalapa, etc. Las reuniones son abiertas para los miembros de la red, aliados e interesados en la iniciativa y las actividades. Se llevan a cabo el segundo martes del mes de 16:00 a 19:00 hrs.
Para gestionar y preparar temas específicos se conformaron comisiones conformadas por miembros de la red, que van cambiando según las necesidades de la Red. Actualmente existen siete comisiones: Comisión de Plan de Manejo, Comisión de Denuncias, Comisión de difusión, Comisión de Relaciones Públicas, Comisión de Difusión Artística, Comisión de Financiamiento, Comisión de Recorridos.
En el corazón de las actividades locales están los grupos motores que se formaron en la mayoría de las islas con el objetivo de identificar de manera colectiva las problemáticas socio-ecológicas locales, analizarlos, definir posibles soluciones y tomar acciones prácticas de manera colectiva. Las actividades de los grupos motores son muy diversos y dependen de las características, problemáticas y actores de las isla. Para conocer más, descubre los grupos motores de las islas
Por otro lado, existe un Grupo Articulador de los Custodios (GAC) que colabora en el proceso de difusión, convocatoria, conformación e integración de grupos, así como en la articulación de dichos grupos como parte de una red de redes. Este grupo gestiona también un proyecto con el Fondo Ambiental Veracruzano (FAV) que permite fortalecer el proceso.